Voilà maintenait 10 ans que le programme "Porte des étoiles" dirigé par le général Hammond, Jack O'Neill et enfin Hank Landry, existe. De nombreuses missions et de combat pour la sauvegarde de l'humanité ont eu lieu, des ennemis, comme Anubis, Apophis, Hator, tous des goa'ulds ou même Adria la chef Oris, ont tous étaient éliminé, grâce aux équipes SG. Notamment SG1 avec à sa tête le colonel Samantha Carter et le colonel Cameron Mitchell accompagné du docteur Daniel Jackson, du Jaffa Teal'c et de la belle Vala Mal Doran. La guerre est finie, la terre est vainqueur. Alors que les équipe Sg espèrent profiter d'un repos bien mérité, à l'horizon un nouvel ennemi approche, la super porte à était activé, le combat doit reprendre.

Pendant ce temps la cité d'Atlantis est toujours sur terre et occultée. Mais après des mois de débat et grâce à plusieurs E2PZ, la cité et ses habitants sont de retour dans la galaxie de Pégase. Richard Woolsey ayant succédé, à Elizabeth Weir et Samantha Carter reprend son poste de Leader. L'équipe d'expédition Atlantis est reformé sous les ordres du colonel Jonh Sheppard aidé du docteur Rodney Mckay, du guerrier Ronon Dex et de l'Athosienne Teyla Emagan. Avec les autres équipes ils sillonnent cette galaxie. Mais les terribles Wraiths sont au courant du retour de la cité et sont prêt à affronter les humains.

En parallèle, la nouvelle station intermédiaire Midway 2 à vu le jour. Son objectif est le même que la première, mais la sécurité est double. Les vaisseau Apollo, Dédale, odyssée et le Hammond transfert les soldats à travers les deux galaxies pour apporter aide et soutient.

Rejoignez le mystérieux SGC ou alors rendez vous sur la mythique Cité des anciens, vous pouvez également rejoindre les légendaires vaisseaux, intégrez une équipe ou alors lutter à partir de la base pour la survit de la terre...